در زمان اشکانیان اداره گمرک در ایران وجود داشته و آنچه وارد کشور می‌گردیده، مانند: ابریشم چین و ادویه هندوستان و کالاهای رومی در دفاتر مخصوص ثبت و از صاحبان آن‌ها حقوق معینی دریافت می‌شده. در دوره‌های بعد در ایران بیشتر رویه تجارت آزاد مرسوم بوده‌است. از زمان صفویه به بعد از کالاهای وارده به کشور حقوق و عوارضی بنام فرضه گرفته می‌شده‌است. عوارض گمرکی کالاهای وارد از طریق خلیج فارس به کیفیت بهای آن‌ها تعیین می‌شده‌است، منتها چون دولت قادر به نظارت دقیق در اخذ حقوق گمرکی نبوده از زمان شاه سلیمان(۱۰۸۵ه‍. ق/۱۶۷۴م) گمرک به اجاره داده شد و این ترتیب بیش از دو قرن تا ورود رایزنان بلژیکی در ایران ادامه داشت. در سنه ۱۲۷۷ ه‍.ش اجاره گمرک لغو شد. علت اصلی این الغاء این بود که به موجب عهدنامه ترکمانچای مقرر شده بود از کالاهای وارد از روسیه تزاری فقط پنج درصد بها به عنوان حقوق گمرکی اخذ شود و سه سال بعد، سایر دول نیز به عنوان دول کاملةالوداد، از مزایای مزبور شروع به استفاده کرده و در واقع حقوق گمرکی در ایران به‌طور یکنواخت بر اساس پنج درصد استوار گردید، بدون آنکه با دولت ایران معامله شده باشد. بعداً که دولت ایران مبادرت به استقراض از روسیه و انگلستان نمود و درآمدهای گمرکی شمال و جنوب گروگان این وامها قرار داده شد، به منظور جلوگیری از حیف و میل درآمدهای گمرکی و با توجه به لزوم رعایت موازنه سیاسی، دولت ایران در زمان مظفرالدین شاه و صدارت امین الدوله مبادرت به استخدام مستشاران بلژیکی نمود. بنابه پیشنهاد رئیس هیئت مزبور که عنوان وزیر گمرکات یافته بود و فرمان همایونی مورخ ۱۸ ذیحجة ۱۳۱۸ ه‍.ق اجاره گمرکخانه‌ها و وصول عوارض داخلی، از قبیل: حقوقخانات و راهداری و قپانداری ملغی و مقرر شد از بهای اجناس وارد به مآخذ ۵ درصد و به اضافه از هر بار چهل من تبریز بیست ودو شاهی از مکاری دریافت گردد. پس از استقرار مشروطیت، عنوان وزارت از رئیس هیئت مستشاران بلژیکی سلب شد و اداره کل گمرک تحت نظارت وزارت دارائی قرار گرفت. اولین تعرفه گمرکی ایران براساس وزن و ارزش، در سال ۱۲۸۲ ه‍.ش به وسیلهٔ مستشاران بلژیکی تنظیم گردید و ده سال پس از اجرای آن، درآمدهای گمرکی کشور که در سال ۱۲۷۷ ده میلیون ریال بوده به ۴۷میلیون ریال ترقی کرد. در سال ۱۲۹۹ ه‍.ش تعرفه دیگری براساس وزن و تعداد وضع گردید که از لحاظ واردات، مشتمل بر ۵۲ باب و ۹۴ قسمت جزو و از لحاظ صادرات، مشتمل بر ۱۲ باب بود. حداکثر حقوقی که به موجب این تعرفه دریافت می‌شد در سال ۱۳۰۶ ه‍.ش بالغ بر ۹۰میلیون ریال بود. پس از الغای کاپیتولاسیون نخستین قانون تعرفه گمرکی ایران در اردیبهشت ۱۳۰۷ براساس حداقل و حداکثر حقوق گمرکی تصویب شد. بموجب آن، دولی که الغای کاپیتولاسیون را به رسمیت شناخته و بالنتیجه به عقد قرار داد بازرگانی با ایران توفیق یافته بودند از تعرفه حداقل استفاده کردند و کالاهایی که از سایر کشورها وارد می‌شد مشمول پرداخت حداکثر حقوق گمرکی گردید. در سال‌های ۱۳۱۵ و۱۳۲۰ و ۱۳۲۹ و ۱۳۳۲ ه‍.ش چندین بار در قانون تعرفه گمرکی ایران تجدید نظر شد؛ و سرانجام با استفاده از تجربیات جامعه ملل سابق و طرحی که برای تعرفه گمرکی تهیه گردیده و در بسیاری از کشورهای جهان مورداستقبال و استفاده قرار گرفته بود، قانون تعرفه گمرکی در دهم تیر ۱۳۳۷ به تصویب مجلس شورای ملی رسید. قانون مزبور مشتمل بر ۳۶ ماده و جدول منضم به آن است که مشتمل بر ۲۱ فصل و ۸۶ بخش و ۹۹۱ نوع کالا است. دراین فصول، انواع کالاها به حال ماده اولیه، نیمه ساخته و تمام شده و آماده به مصرف ذکر شده و با رعایت احتیاجات کشور، تولیدات داخلی، تقویت و حمایت صنایع ملی و قوه خرید و میزان نیازمندی طبقه مصرف‌کننده برای آن‌ها حقوق و عوارض گمرکی وضع گردیده‌است. درآمد اداره گمرک در اولین سال تأسیس (۱۲۷۷ ه‍. ش) جمعاًبالغ بر ده میلیون ریال بود و در سال ۱۳۳۸ ه‍.ش به بیش از ۹میلیارد ریال که برابر با یک سوم بودجه کل کشور بود رسید. در قبال این درآمد هنگفت، هزینه اداری گمرکخانه در سال ۱۳۳۸ بالغ بر ۲۴۰میلیون ریال، یعنی کمتر، از ۳٪ درآمد مذکور بود.[۴] قانون امور گمرکی در سال ۱۳۹۰ بازبینی شده و متن قانون جدید امور گمرکی[۵] در دیماه این سال جهت اجرا ابلاغ شد.

وظایف گمرک

• وصول عواید یا درآمدهای گمرکی
• حصول اطمینان از اجرای دقیق مقررات و سیاست‌های ناظر بر بازرگانی خارجی و قوانین صادرات و واردات
• نظارت بر اجرای الزامات قانون راجع به واردات کالا، صادرات کالا و ترانزیت کالا، ترخیص کالا از هر لحاظ به ویژه، مجوزهای واردات کالا مشتمل بر مجوز بهداشت، مجوز استاندارد کالا، و نظایر آن به‌طور حتم غیرقابل واگذاری به بخش خصوصی است.
• عموماً وظایف دیگری مثل نگهداری کالا، خدمات مربوط به تخلیه و بارگیری کالا و از این قبیل به بخش خصوصی واگذار می‌شود، که در هرحال این مؤسسات خصوصی ملزم به رعایت و اجرای قانون گمرک به فرض اینکه متعلق به گمرک باشد هستند.
  نقاط یا قسمت‌هایی از سرزمین که تحت عنوان «مناطق آزاد» خوانده می‌شوند و در خارج از قلمرو گمرکی قرار دارند، از این قاعده خارج است، و ممکن است خود تشکیلات مشابهی داشته باشند، به هر صورت اگر قرار باشد از این مناطق به داخل قلمرو گمرکی یا برعکس کالاهایی وارد یا خارج شود، گمرک حد فاصل سرزمین اصلی قلمرو گمرکی و منطقه آزاد به انجام همان وظایف که اشاره شد خواهد پرداخت.